交通部民用航空局宣布，116年元旦連假的離島管制航線將在115年11月2日上午9時同步開放訂位。配合116年1月1日至1月3日共3天的元旦假期，民航局將115年12月31日至116年1月4日劃設為航空疏運期，為期5天，並以澎湖、金門與馬祖等離島路線為主要疏運方向，規劃992個航班，提供74,688個座位。
根據民航局規劃的運能分配，澎湖航線安排450架次、共30,276個座位；金門航線提供458架次、共38,622個座位；馬祖航線則有84架次、共5,790個座位。官方已要求各家航空公司持續追蹤訂位進度，未來會依照旅客需求適時協調增加班次。
針對假期尖峰時段的機票，民航局實施特定使用限制。凡是115年12月31日至116年1月2日由台灣前往離島，以及116年1月2日至1月4日由離島返回台灣的航班機票，都會印上「限當日當班次」與「逾期作廢」字樣，同時採取退票手續費分級制度。
退票費用依據辦理時間分為三個等級，手續費最高收取票價比例分別為：起飛前7日以上辦理扣除10%、起飛前1日至6日辦理扣除20%、航班起飛當天辦理扣除30%。民眾若無法照原定計畫搭班，務必在飛機起飛前向航空公司辦理取消訂位，並回原購票處申辦退費。民航局也提醒旅客提前預訂機位，並於搭機當天攜帶身分證件提早至機場報到。